Het bestuur van de KNMT bestaat uit 4 leden die worden benoemd door de Algemene Vergadering. Het bestuur wordt ondersteund door een secretaris, die ook directeur van het KNMT-bureau is. De Raad van Toezicht controleert het bestuur.
Op dit moment bestaat het bestuur uit:
| Hans de Vries, voorzitter |
 |
| Rinke Rinke Blok, penningmeester |
 |
| Joke Kwakman |
 |
| Ellemieke Hin |
 |
Directeur bureau KNMT
| Erik Markus, directeur |
 |
Raad van Toezicht
De Raad van Toezicht houdt toezicht op het hoofdbestuur, de besturing van- en de algemene gang van zaken in de KNMT en de met de KNMT verbonden organisaties.
| Marion Gout - Van Sinderen, voorzitter |
 |
| Willem van Baren |
 |
| Femke-Fleur Lamkamp |
 |